"וידבר אלוקים אל משה ויאמר אליו אני ה'". כבר בפתיחת הפרשה, ה' מודיע למשה שמעתה הגאולה תבוא באופן של הנהגה חדשה ועליונה יותר, הבאה ממידת שם הויה "אני ה'", שהיא הנהגה ניסית מובהקת וגלויה, השונה מהנהגת ה' עד כה. גם עם האבות נהג ה' בחסדים גדולים אך בשם "אל שד-י" המורה על הנהגה נמוכה יותר, שהניסים הנעשים בה מוסתרים מעט ומלובשים בתוך דרכי הטבע. המטרה בשינוי ההנהגה היא לחזק את האמונה מציאות האל, הן בקרב עם ישראל והן בקרב העולם כולו. מה ההבדל בין שתי ההנהגות, זו הניסית וזו הטבעית?

במספר מקומות בחומש הראי"ה הרב קוק עונה על כך: "והנה החוקרים אמרו שהנהגת הטבע שלמה מאוד, וכן הוא בוודאי, מאחר שבחר ה' בה כהנהגה תמידית, אבל הנהגת הנס מתעלה עליה מצד שלהנהגת הטבע אין יחס כ"כ אל השלמת נפשות האנשים". הרב מסביר שהנהגה בדרך נס פועלת יותר להשלמת נפש האדם מזו הטבעית, ומוסיף כי "…אבל הנהגת הנס היא למען נראה את הפועל (הקב"ה) עצמו, לא רק אחרי שנדע גודל הפעולה, וזה הודיע ה' יתברך למשה כי זוהי תכלית הנהגת הנס כדי להכיר בעולם את הפועל עצמו מצד שלמות ה' יתברך". דרך הנס ניתן להכיר את ה' באופן יותר ישיר. אולם, על אף כוחו של הנס להביא לגילוי יותר משמעותי של בורא העולם, מדגיש הרב שתכלית האמונה היא שלמות המידות ומעשים, ולשם כך יש מקום גם להארת השכל. אין להסתפק רק בנס המגיע מבחוץ, אלא יש לתת מקום לאדם עצמו להגיע להכרה טהורה ביראת ה', על ידי עבודתו המגיעה מהנפש פנימה. לכן ההשגחה האלוקית ראתה לנכון להשאיר מקום גם לנפש האדם, כדי שתפעל ותכשיר את עצמה לצעוד בדרך הישר.

אם כן, ניתן להסביר כי "העדיפות הראשונה", "הלכתחילה" של הקב"ה -אם ניתן לומר כן- היא להפעיל על המציאות נס שיאפשר מקום לספק, כך שאפשר יהיה להסבירו בדרך הטבע או בדרך של כישוף, כיוון שבדרך זו יש מקום לעבודת האדם ולבירור אמוני. בדרך זו יוכל האדם לקנות שלמות גדולה יותר. רק במקום בו נצרך לעשות נס באופן שלא היה מקום להתלבט כלל האם זה נס או טבע, הקב"ה הפעיל את הנס הזה. ומדוע רק במצב שכזה? מפני שבמופת שאי אפשר לדחותו בשום עילה, אין הלב משתף בטהרתו, ולכן השפעתו לא תמיד בת קיימא.

כך מסביר הרב את מעשה אליהו הנביא בכרמל. אליהו עשה נס בו "הוריד" אש מן השמים כדי לנצח את נביאי הבעל, אע"פ שבנס כזה ניתן היה להסתפק שהוא מעשה כשפים, וזאת כדי שישתמשו ישראל בהארת שכלם לעזוב דרכי העבודה הזרה ולשוב לעבודת ה' מתוך הכרה פנימית, ורק כאשר הם יבחרו בטוב מתוך הכרה פנימית, לא יעלה על ליבם לומר 'מעשה כשפים זה'. כל זאת, כשהמטרה היא להשיב ליבם לאביהם שבשמיים. אולם כאשר יש צורך בנס לדבר גדול יותר כדי להודיע שם ה' בעולם, כמו ביציאת מצריים, יש צורך בנס גדול וברור יותר.  וכך מסביר הראי"ה קוק: "אבל במקום שהארה גדולה ועליונה צריכה להתגלות, במקום שהצעדים הולכים להודיע בעולם כבודו וגודלו של בורא עולמים… צריך להופיע אז לא רק נס פשוט כי אם נס כפול – נס בתוך נס" בזה מוסבר נס בליעת מטות החרטומים ע"י מטה אהרון. מטה אהרון הפך להיות לנחש שזה נס, ובמקום לבלוע את מטות החרטומים בעוד המטה בצורת נחש, הקב"ה החזיר אותו לצורת מטה ורק אז הוא בלע את מטות החרטומים, וזהו נס כפול. "ויבלע מטה אהרון את מטותם". המטה בלע ולא הנחש.

אם כן, ראינו שיש שתי רמות בהנהגה הניסית: הנהגה ניסית מוחלטת, והנהגה ניסית שאינה נס מוחלט אלא משאירה מקום לאדם להתלבט האם זה מעשה ה' או מעשה כשפים. הרב מדגיש שההנהגה האחרונה, היא יסוד הבחירה החופשית והיא הדרך המועדפת, כיוון שהיא נותנת מקום לאדם להגיע להכרה פנימית ודבקות בה' המביאה לאמונה שלמה וברת קיימא.