סוגיית התשובה מוזכרת בתורה בפרשת ניצבים, ולחלק מהראשונים אף מהווה מקור למצוות התשובה. לפי הרמב"ן מקור המצווה מגיע מהפסוק "כי המצווה הזאת אשר אנכי מצווך היום לא נפלאת היא ממך". לעומתו, ישנם ראשונים כמו הרמב"ם ועוד, הסוברים שאין בפרשה זו אזכור למצוות התשובה, אלא הבטחה שישראל יעשו תשובה. לכל הדעות מוסכם כי בפרשה מוזכר ומתואר תהליך התשובה.

"ושבת עד ה' אלוקיך ושמעת בקולו", "ומל ה' אלוקיך את לבבך", "ואתה תשוב ושמעת בקול ה'". תהליך תשובה זה מורכב משלושה שלבים לכאורה אינו מובן. אם חזרו בתשובה, מדוע יש צורך שה' ימול את לבבם, הרי כבר חזרו? יותר מזה, מדוע יש צורך בחזרה נוספת "ואתה תשוב"? בפרשנים ישנם מספר תשובות איך לבאר מהלך זה. המלבי"ם, רואה בתשובה הראשונה תשובה לא שלמה אלא קבלת עול תשובה בלבד, רצון לחזור בתשובה. הוא מסביר שבחו"ל לא תיתכן תשובה שלמה ואמיתית שהרי רוב המצוות תלויות בארץ, ורק לאחר קיבוץ גלויות יתכן מצב של "תשוב ושמעת בקול ה"' ותשובה שלמה.

לעמותו, הרמב"ן רואה בתשובה הראשונה תשובה שלמה, בשלב השני זהו ביטול יצר הרע וביטול הבחירה החופשית. השלב השלישי אינו תהליך תשובה נוסף, אלא אחרי ביטול היצר הרע ישנו תיאור של המשך התשובה. הרב קוק מתקשה בדברי הרמב"ן וכותב "וכי שייך לדבר על תשובה כשאין בחירה חופשית"? כאשר אין בחירה חופשית אין מקום למצוות, ועל כן הוא מבאר את התהליך בצורה שונה.

הראי"ה פותח את הדיון בתשובה בשאלה "ולכאורה ייפלא, הלא כבר אמר שישובו, ושבו, ואם כן מדוע יש צורך במילת הלב"? הראי"ה מבאר שהחטא פוגם בשני דברים, האחד זה התרחקות מה' יתברך ומעבר על רצונו, והשני הוא התמעטות אהבת ה' בלב האדם. וכדי להשיב את היראה והאהבה יש לתקן את הדרכים בפועל, זה השלב הראשון. תיקון המעשים, אף אם לא מגיע ממדרגה גבוהה של אהבת ה', יסיר את הפגם הראשוני. במקום אחר, הרב קוק קורא לשלב זה תשובה מיראה, "ושבת עד ה'" תשובה חלקית.

לאחר שלב זה, תהיה סיעתא דשמיא והקב"ה יקדם את האדם "ומל ה' את לבבך". הקב"ה ישיב את טהרת הלב למצב של אהבת ה' ויראתו, כיוון שללא אהבה ויראה קלה הדרך ליפול שוב בעבירות. כשהתשובה היא רק חיצונית ברמת תיקון המעשים בלבד וללא טהרת הלב, איננה יכולה לתת מעמד איתן למצב התשובה של האדם. רק לאחר מילת הלב מתעלה האדם למדרגה גבוהה של תשובה המחוללת שינוי פנימי באדם.

אם כן, לדברי הרב קוק הפרשה מדברת על שלושה שלבים בתהליך התשובה, כנגד שני קלקולי החטא: השלב הראשון כולל תיקון דרכי האדם ויציאה מהמצב של מרידה בבורא העולם ע"י עשיית מצוות ושמירת התורה. בשלב השני ה' מתערב ומסייע בטהרת הלב, השלב השלישי, לאחר ההתקרבות והסיוע מהשמים, האדם מתעלה לתשובה מאהבה.